ANALISIS FILOGENETIK ISOLAT VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 ASAL PROVINSI ACEH

Teuku Zahrial Helmy, Rini Widayanti, Aris Haryanto

Abstract


Penelitian ini bertujuan melakukan studi filogenetik virus AI tipe A subtipe H5N1 isolat asal Provinsi Aceh yang dapat memberikan informasi secara molekuler tentang kekerabatan antar isolat virus AI tipe A subtipe H5N1. Sebanyak 11 isolat virus AI asal Provinsi Aceh yang dikoleksi oleh Laboratorium Virologi Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional I di Medan, Sumatera Utara selama kurun waktu 2007-2008 digunakan dalam penelitian ini. Metode penelitian meliputi preparasi sampel isolat virus, ekstraksi RNA, amplifikasi gen H, elektroforesis DNA hasil amplifikasi, sekuensing, dan analisis data hasil sekuensing dengan software MEGA 4.0. Hasil sekuensing diketahui bahwa daerah yang teramplifikasi sebesar 191 bp. Hasil allignment dari nukleotida 191 bp ditemukan urutan nukleotida yang menyandi 5 asam amino yang berbeda pada posisi asam amino ke-493, 498, 499, 504, dan 515 antara isolat virus AI subtipe H5N1 asal Provinsi Aceh selama tahun 2007-2008 dengan isolat dari pembanding dari gene bank. Kontruksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa virus AI subtipe H5N1 asal Provinsi Aceh tahun 2007-2008 mengelompok secara terpisah dari isolat Indonesia yang lain, tetapi masih dalam klaster virus AI subtipe H5N1 Indonesia.


Full Text:

PDF


DOI: https://doi.org/10.21157/j.ked.hewan.v6i1.348

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Copyright (c) 2016 by author and J. Ked. Hewan

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

Editorial Office

Jurnal Kedokteran Hewan (Indonesian Journal of Veterinary Sciences)

Faculty of Veterinary Medicine Syiah Kuala University
Jl. Tgk. Hasan Krueng Kalee No. 4, Kampus FKH Unsyiah Darussalam
Banda Aceh 23111, Indonesia
Phone/Fax. +62-651-7551536, CP: +6281362693330; +6285260153935 
e-mail: jkh@unsyiah.ac.id; jurnal_khusk@yahoo.com

  

p-ISSN: 1978-225X e-ISSN: 2502-5600


Creative Commons License
J Ked Hewan
is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.